1. Самому на 100% определить бан сайта невозможно. Возможным признаком бана (не пессимезации), является полное выпадение всех страниц сайта из индекса поисковой системы.
Проверяется это так:
http://www.yandex.ru/yandsearch?serverurl=сайт.ру
где вместо сайт.ру проставляется проверяемый сайт с www и без.

А если сайт просто еще не проиндексировался - попробуйте добавить его через аддурл http://webmaster.yandex.ru/ и посмотрите ответ робота.

Но это не является гарантией бана.

Получить достоверный ответ можно только написав на addurl@yandex-team.ru письмо вида:
Цитата:Здравствуйте.
Все страницы сайта ....., администратором которого я являюсь, выпал из индекса поисковой системы. Поясните, пожалуйста, что произошло.
С уважением, Вася.

(возможно придумать лучший вариант, но и этот сработает)
Дождаться ответа, и по нему определить есть бан, или нет.

2. В данный момент в ответном письме дается намек на причину бана (раньше было хуже). По этому намеку уже кое-что можно определить.
С другой стороны на сайте может быть куча дополнительных мелких нарушений, которые не послужили причиной бана, но могут препятствовать выводу из него сайта. Поэтому желательно провести анализ других возможных нарушений.

3.
а) Написать письмо на addurl@yandex-team.ru
б) Дождаться ответа
в) Если бана нет, перейти к пункту (л), иначе далее
г) По тонким намекам в письме (или без них) попытаться найти возможные причины бана.
д) Исправить что найдено.
е) Написать письмо на addurl@yandex-team.ru с указанием, что причины исправлены
ж) Дождаться ответа
з) Если бан продолжается, перейти к пункту (г), иначе далее
и) Ждать 1 месяц и 1 день
к) Возможно написать еще письмо, с напоминанием о снятии санкций
л) Радоваться!
Если цикл из строк г-д-е-ж-з продолжается долго, лучше обратиться к специалисту. Но в любом случае новичку лучше сразу попросить помощи на форуме, с указанием сайта и ответа службы поддержки.

4. Как правило, санкции в одном месте не приводят к санкциям в другом. Но все возможно.

И самое главное: не пытаться придумать новые способы обойти поисковую систему. Все возможные пути давно уже известны и являются причиной бана. Если вы только что придумали что-то гениальное, от чего поисковая система должна прогнуться и выдвинуть ваш сайт на первое место, подумайте, прежде чем это использовать. На 99,999% это станет причиной бана.